Modelos metabólicos em escala genômica: compreensão, geração, validação e aplicação em um contexto biotecnológico (2024)
- Authors:
- Autor USP: TSUJI, HENRIQUE MARCEL YUDI DE OLIVEIRA - FCFRP
- Unidade: FCFRP
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; BIOFARMACOLOGIA; GENÔMICA
- Keywords: Biofármacos; Modelagem metabólica em escala genômica
- Language: Português
- Abstract: Os modelos metabólicos em escala genômica (GEMs) são ferramentas poderosas que permitem simular e otimizar o metabolismo de microrganismos para aplicações industriais e farmacêuticas. Os GEMs são tipicamente construídos a partir de sequências completas de genomas, e requerem uma série de etapas complexas que devem ser executadas antes da construção do modelo. Para genomas originais obtidos pelas técnicas modernas de sequenciamento são necessárias uma série de etapas prévias à modelagem, como a montagem do genoma, inspeções de qualidade e anotação funcional. Essas etapas requerem conhecimento de técnicas sofisticadas de bioinformática, dificultando o acesso de profissionais das ciências farmacêuticas aos modelos metabólicos que poderiam ser utilizados para otimização em diferentes processos produtivos com aplicações na área da saúde. Este trabalho teve como objetivo construir modelos metabólicos em escala genômica (GEMs) preliminares de bactérias isoladas de ambientes marinhos, por meio de ferramentas integradas a um fluxo de trabalho automatizado. O fluxo de trabalho Pardal foi desenvolvido para automatizar o processamento de dados de sequenciamento genômico gerados por meio da plataforma MinION. O fluxo contém etapas de atribuição de bases, montagem de genomas, anotação, predição de agrupamentos gênicos biossintéticos (BGCs), e modelagem metabólica em escala genômica, gerando GEMs preliminares que podem ser refinados manualmente para análises mais precisas. Este estudo reforça o potencial das GEMs como plataformas de desenvolvimento de biofármacos, ao mesmo tempo que evidencia a importância da curadoria manual e de validações experimentais para aumentar a precisão das previsões
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2024
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ABNT
TSUJI, Henrique Marcel Yudi de Oliveira. Modelos metabólicos em escala genômica: compreensão, geração, validação e aplicação em um contexto biotecnológico. 2024. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2024. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/e6a001f0-808f-42b0-ab73-981aabd2597b/003303049.pdf. Acesso em: 16 maio 2026. -
APA
Tsuji, H. M. Y. de O. (2024). Modelos metabólicos em escala genômica: compreensão, geração, validação e aplicação em um contexto biotecnológico (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/e6a001f0-808f-42b0-ab73-981aabd2597b/003303049.pdf -
NLM
Tsuji HMY de O. Modelos metabólicos em escala genômica: compreensão, geração, validação e aplicação em um contexto biotecnológico [Internet]. 2024 ;[citado 2026 maio 16 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/e6a001f0-808f-42b0-ab73-981aabd2597b/003303049.pdf -
Vancouver
Tsuji HMY de O. Modelos metabólicos em escala genômica: compreensão, geração, validação e aplicação em um contexto biotecnológico [Internet]. 2024 ;[citado 2026 maio 16 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/e6a001f0-808f-42b0-ab73-981aabd2597b/003303049.pdf
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