Desenvolvimento de análise de transcriptomas para identificação de Genes (2021)
- Authors:
- USP affiliated author: CARVALHO, CAMILA LIMA DE SOUZA - EEL
- School: EEL
- Subject: BIOINFORMÁTICA
- Language: Português
- Abstract: O milho é um dos três cereais com maior consumo mundial de acordo com o Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (2020). Definido como organismo modelo, é esperado que o milho tenha a disponibilidade de informações para análises precisas e métodos adequados para avanços científicos. A técnica de quantificação do transcriptoma com PCR por transcrição reversa (RT-qPCR) necessita de um gene de referência para padronização de seus resultados. Codificadores de ubiquitinas (UBC e UBQ), actinas, GAPDH, entre outros, têm sido utilizados para esses fins, mas se mostram não ideais, pois não mantém níveis constantes de expressão quando a célula é submetida a diferentes tratamentos. A identificação de genes candidatos à referência pode ser feita alinhando a bioinformática e dados provenientes de sequenciamentos de RNA em profundidade (RNA-seq), através da quantificação de transcritos de genes constitutivos, os quais mantém níveis de expressão estáveis mesmo em diferentes condições, estágios de desenvolvimento da célula ou tecidos. Para genes de referência, programas exclusivos já foram construídos anteriormente (bestKeeper, geNorm e Normfinder). No entanto, com o aumento da disponibilidade de informações, algoritmos com uso otimizado de recursos computacionais são requeridos para análises mais refinadas e eficientes. Uma extensão para o systemPipeR, feito em linguagem R, foi criada de modo a avaliar genes de referência contidos nos estudos feitos por Lin et al. (2014) em diferentes tecidos do milho, estágios de desenvolvimento ou condições experimentais. A extensão criada executou as etapas de pré-processamento e contagem de dados, mas não atingiu as expectativas do projeto possuindo divergências em questões de resultados. De acordo com os resultados, não foi possível estabelecer um ranqueamento confiável de genes constitutivos a serem considerados para padronização de experimentos de RT-qPCR.
- Imprenta:
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ABNT
CARVALHO, Camila Lima de Souza. Desenvolvimento de análise de transcriptomas para identificação de Genes. 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Escola de Engenharia de Lorena, Universidade de São Paulo, Lorena, 2021. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4ddf1bd0-2fdb-4980-9fb8-1c0d4113997a/TCC_Camila%20Lima%20de%20Souza.pdf. Acesso em: 10 maio 2024. -
APA
Carvalho, C. L. de S. (2021). Desenvolvimento de análise de transcriptomas para identificação de Genes (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Escola de Engenharia de Lorena, Universidade de São Paulo, Lorena. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4ddf1bd0-2fdb-4980-9fb8-1c0d4113997a/TCC_Camila%20Lima%20de%20Souza.pdf -
NLM
Carvalho CL de S. Desenvolvimento de análise de transcriptomas para identificação de Genes [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 10 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4ddf1bd0-2fdb-4980-9fb8-1c0d4113997a/TCC_Camila%20Lima%20de%20Souza.pdf -
Vancouver
Carvalho CL de S. Desenvolvimento de análise de transcriptomas para identificação de Genes [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 10 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4ddf1bd0-2fdb-4980-9fb8-1c0d4113997a/TCC_Camila%20Lima%20de%20Souza.pdf
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