Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni (2019)
- Authors:
- USP affiliated author: SILVA, PEDRO DE CARVALHO BRAGA ILIDIO - IFSC
- School: IFSC
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; SCHISTOSOMA MANSONI; GENOMAS
- Language: Português
- Abstract: A quantificação da transcrição individual de sequências repetitivas, a exemplo de elementos de transposição, no genoma de um organismo geralmente se mostra uma tarefa complicada, visto que a alta taxa de ambiguidade não permite alinhamentos de reads de RNA-Seq específicos a cada uma delas. Em 2005, foi descrito um transposon do tipo não-LTR no genoma de Schistosoma mansoni , denominado Perere-3, com a incomum propriedade de produzir uma região 3’-UTR que se apresentava distinta em cada cópia do elemento (DEMARCO et al ., 2015). Tal efeito deve-se a ausência de um sinal endógeno de término de transcrição, que leva à transcrição de uma região downstream a cada cópia. Nossas análises sugerem que, apesar da transcrição dessa região variável, ela não é reincorporada ao genoma no processo de reinserção do transposon, visto que tais regiões tendem a não se repetir na extremidade das cópias do Perere-3. Desta maneira, é possível utilizar essa região variável como uma sonda para monitorar individualmente o nível de transcrição (RPKM) de cada cópia, por meio do mapeamento e contagem de reads de RNA-Seq. Procurou-se, então, no presente trabalho, avaliar de que forma estão distribuídos os valores de RPKM entre as cópias, bem como investigar a influência de genes próximos a elas em sua atividade transcricional. Observou-se que ao menos 15% das cópias aparentam ser inativas, não apresentando indícios de transcrição, e que a grande maioria delas se mostra incompleta. Há também fortes evidências de que cópias sobrepostas a genes têm transcrição mais intensa e coordenada com eles, sugerindo que uma grande proporção das cópias, na verdade, faz parte de transcritos gênicos. Nota-se também coordenação da transcrição entre cada cópia e seu gene vizinho de maneira dependente da distância entre os dois. Isso sugere que efeitos de remodelamento de cromatina derivados da expressão dos genes vizinhos podemestar influenciando a expressão de elementos de transposição
- Imprenta:
- Place of publication: São Carlos
- Date published: 2019
-
ABNT
SILVA, Pedro de Carvalho Braga Ilídio. Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo, São Carlos, 2019. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4a0baaa0-6dcb-473e-8cf5-dcc7f5a64da1/Pedro%20de%20Carvalho%20Braga%20Ilidio%20Silva.pdf. Acesso em: 24 abr. 2024. -
APA
Silva, P. de C. B. I. (2019). Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4a0baaa0-6dcb-473e-8cf5-dcc7f5a64da1/Pedro%20de%20Carvalho%20Braga%20Ilidio%20Silva.pdf -
NLM
Silva P de CBI. Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4a0baaa0-6dcb-473e-8cf5-dcc7f5a64da1/Pedro%20de%20Carvalho%20Braga%20Ilidio%20Silva.pdf -
Vancouver
Silva P de CBI. Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/4a0baaa0-6dcb-473e-8cf5-dcc7f5a64da1/Pedro%20de%20Carvalho%20Braga%20Ilidio%20Silva.pdf
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